Construite en 1114 par Gaston IV Le croisé, vicomte de Béarn, l'église de Mifaget (Milhaget, en gascon « au milieu des hêtres »), vouée à Saint Michel, constituait avec l’hôpital et la commanderie une halte accueillant les pèlerins de Saint Jacques avant leur passage en Vallée d’Ossau. Cette commanderie était aussi un domaine agricole réputé notamment pour la douceur de ses pommes reinettes.
Au fil du temps des fermes vont s’implanter tout autour avec quelques avantages, notamment fiscaux, pour les habitants. Le village passe en communauté indépendante au milieu du XVIIIe siècle.
Jusqu’à la fin du XIXe siècle, on y trouve toujours la présence d’au moins un moine hospitalier. A cette époque subsistent encore les bâtiments de l’hôpital et le cloître. On y recueille des mendiants malades ou en fin de vie, des nourrissons abandonnés sur le parvis que l’on place dans les familles du coin, des pèlerins dont le voyage s’arrête là.
L’église a été remaniée avec un agrandissement du XIXe siècle, mais conserve de nombreux éléments intéressants de l’art roman.